Môi trường sống tại vườn quốc gia bao gồm các bãi bùn, đầm lầy nước mặn, bãi biển, cồn cát và các cửa sông trên Biển Bắc. Đặc biệt, nơi đây là nhà của nhiều loài động vật hoang dã và thực vật đặc trưng của biển Wadden mà vườn quốc gia này là một phần.

Bờ biển của Biển Bắc bằng phẳng bất thường khi có những nơi nước chỉ cao vài centimet trên một khu vực trải dài vài km. Hai lần mỗi ngày, thủy triều mang cát, đất sét và bùn ra biển Wadden. Các đụn cát hình thành bởi cơn gió biển cuốn những hạt cát mịn ra khỏi các bãi bồi và làm cho chúng cao dần lên.

Biển Wadden là hệ sinh thái hiệu quả thứ hai sau các khu rừng mưa nhiệt đới, về sinh khối. Các hình thức sống được tìm thấy ở vùng biển Wadden bao gồm tảo cát, ốc, giun, sò và tôm. Một cư dân điển hình của bãi bồi cát là một loài giun biển, tồn tại trong một ống hình chữ U dưới bề mặt của bùn.

Có tổng cộng 4.000 loài động thực vật sống trong các môi trường khác nhau của biển Wadden. Đây cũng là nơi sinh sống và thay lông của khoảng 180.000 con vịt biển trong khoảng thời gian giữa tháng 7 đến 9, cũng như khoảng 200.000 vịt nhung thường; và khoảng 1.000 cặp trong số đó sử dụng bãi bồi của biển Bắc là một khu vực sinh sống chủ yếu. Hầu hết trong số chúng sinh sản trên đảo Amrum.

Đồng thời, biển Wadden là một nơi nghỉ chân cho các đàn chim phương Bắc tránh rét và tìm kiếm thức ăn dự trữ chất béo cần thiết cho quá trình sinh sản với khoảng 10-12 triệu con ngỗng, vịt và mòng biển.

Trên bãi cát của biển Wadden và các đầm lầy muối liền kề, bãi biển và cồn cát có thể dễ dàng bắt gặp các loài hải cẩu. Các đầm lầy nước mặn là một khu vực sinh sản của loài chim Avocet đen trắng và nhàn biển cũng như là môi trường sống cho Eryngium và hoa oải hương biển nở vào mùa hè. Thực vật điển hình của những cồn cát là cỏ thô châu Âu, loài thực vật với hệ thống rễ rộng lớn có thể bám chắc được vào những cồn cát.